bio_eco_evo https://blog.hatena.ne.jp/bio_eco_evo/ マクロ生物学徒の備忘録 https://bio-eco-evo.hatenablog.com/ NGSデータ解析 pyRAD pyRADとは 集団遺伝学用の解析ツール。 次世代シーケンサで取得した大量のfastqファイルをde novoでアセンブリして、SNPs情報をアウトプットする。 アウトプットの形式は .nex .phy .str .vcf など、幅広く対応している。 似たようなソフトにStacksがあるが、pyRADはインデルを考慮してくれるという点で優れている。 pyRADの方が細かい条件設定がしやすいが、そのせいで若干わかりにくいという噂。 （Stacksは使ってないのであまり知りませんが） リファレンスの指定は出来ない（たぶん）。 当然、マッピングもやってくれない。 pythonという言語で書かれている… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fbio-eco-evo.hatenablog.com%2Fentry%2F2016%2F08%2F09%2F155257" title="pyRADのインストール｜OS X ElCapitan (10.11.6) - マクロ生物学徒の備忘録" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2016-08-09 15:52:57 rich https://bio-eco-evo.hatenablog.com/entry/2016/08/09/155257 1.0 100%