midnightseminar https://blog.hatena.ne.jp/midnightseminar/ StatsBeginner: 初学者の統計学習ノート https://blog.statsbeginner.net/ Rでクラスター分析などをするときに距離行列を求める必要があるが、次元が大きくなると（万単位とか）けっこう時間がかかる。 で、 標準で入ってる{stats}のdist() {Rfast}のDist() {wordspace}のmatrix.dist() を比較してみたところ、3つ目のやつが一番速く、100倍ぐらい高速になった。 以下は、5000行かける768列の元データに対して、各行のあいだの距離を求めた例です。 いずれも、いろんな距離を求めるオプションがあるが、{wordspace}のmatrix.distだけはデフォルトがコサイン類似度になってるので、ユークリッド距離にするならmethod=… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fblog.statsbeginner.net%2Fentry%2F2023%2F01%2F08%2F112241" title="Rで距離行列を求める高速な関数 - StatsBeginner: 初学者の統計学習ノート" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2023-01-08 11:22:41 rich https://blog.statsbeginner.net/entry/2023/01/08/112241 1.0 100%