Bockle https://blog.hatena.ne.jp/Bockle/ 明太子ソースに鮭フレークを添えて https://bockle.hateblo.jp/ Gromacs pdb2gmxでタンパク質のpdbファイルを読み込むと、出力されるtopol.topファイルの[ molecules ]の項目には以下のように書かれます。 （これはchainが1つの場合） [ molecules ] ; Compound #mols Protein_chain_A 1 そしてMD実行時のmdpファイルのtc-grpsパラメータには例えば以下のように書きます。（全世界のGROMACSユーザーの第一関門である（多分）LysozymeのTutorialの設定。） tc-grps = Protein Non-Protein では溶媒のみのシミュレーション、つまりタンパク質の無い系を動… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fbockle.hateblo.jp%2Fentry%2F2014%2F12%2F19%2F175937" title="GROMACS：proteinが入っていない場合のMDの注意点 - 明太子ソースに鮭フレークを添えて" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2014-12-19 17:59:37 rich https://bockle.hateblo.jp/entry/2014/12/19/175937 1.0 100%