hobochuritsu https://blog.hatena.ne.jp/hobochuritsu/ ほぼ中立ブログ https://hobochuritsu.hateblo.jp/ PC プログラミング バイオインフォマティクス 与えられた配列ファイルをプログラムで処理する際に、ファイルのフォーマットを調べておきたいという場合がたまにあります。拡張子で識別するのが簡単で手っ取り早いですが、FASTAファイルのようによく使われる拡張子が複数種類あるものだと、識別が若干面倒です。 そこで、拡張子によらずファイルがFASTA形式かどうかを判定する方法を調べることにしました。Stack OverflowのこちらのQ&Aに同じような内容がありましたので、こちらに記載されていたコードをほぼそのまま利用させていただきました。次の通りです。 from Bio import SeqIO def is_fasta(seq_file): r… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fhobochuritsu.hateblo.jp%2Fentry%2F2019%2F01%2F10%2F214254" title="Biopythonで入力ファイルがFASTA形式か調べる - ほぼ中立ブログ" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2019-01-10 21:42:54 rich https://hobochuritsu.hateblo.jp/entry/2019/01/10/214254 1.0 100%