k-kuro https://blog.hatena.ne.jp/k-kuro/ kuroの覚え書き https://k-kuro.hatenadiary.jp/ Science RNAseq bwaを使ってRNAseqのリードをtranscript.faをリファレンスとしてマッピング、出来上がったBAMファイルからcufflinksでFPKMを得ようとしたが、gtfファイルが無いので、FPKMを計算すると、マッピング領域のゆらぎを反映して1つのtranscriptの中にいくつかのlocusを勝手に想定してFPKMが計算されてしまうということがおこる。これを防いでtranscriptごとにFPKMを計算させるにはやはりgtfファイルを用意するしかなさそうだ。 入り口はtranscripts.faファイル。 まずは $ samtools faidx transcripts.faでfas… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fk-kuro.hatenadiary.jp%2Fentry%2F20180806%2Fp1" title=" bwaでtranscript.faにマッピングしたあとcufflinksで解析するには - kuroの覚え書き" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2018-08-06 00:00:00 rich https://k-kuro.hatenadiary.jp/entry/20180806/p1 1.0 100%