kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ bam/sam format conversion bed Copy Number Variation (CNV) 2010 Bioinformatics mask 追記 bedgraph出力 2019 9/4 インストール、twitterリンク追加 BEDファイルのオーバーラップ領域を抽出したり、マージしたりできるツール。BED以外にGFF、VCFも扱うことができる。bedtools <command> -a .bed -b .bedという使い方が基本。-aで指定したbedを-bで指定したbedと比較する。出力はリダイレクト（>）で指定しないと標準出力となる。中にはGC/AT含量を調べるコマンドまであり、多岐に渡っている。使えそうなコマンドを紹介してみます。 公式より転載。 We just dropped version 2.29.0 of bedtoo… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2017%2F07%2F23%2F213505" title="bedtools - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20180324/20180324100345.jpg Hatena Blog https://hatena.blog 2017-07-23 21:35:05 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/07/23/213505 1.0 100%