kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ RNA seq sequence clustering assembly de novo transcriptome dereplication 2019 6/19 関連論文追記 2020 2/17 依存のインストール手順更新 2025/02/14 追記 EvidentialGeneのtr2aacds.plは、de novo アセンブルツールの結果から生物学的に有用な最良のmRNAセットにクラスタリングするパイプライン。論文は準備中で不明な点もあるが、ポスターによると以下の流れで冗長なtranscirptsを減らすらしい。fastanrdbとcd-hitを使ったあと、blastを使いprimaryなtranscirptsを選抜している。 Algorithm of tr2aacds: 0. collect input transcript… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2018%2F01%2F22%2F005038" title="トランスクリプトームから主要なtrasncriptsを選抜する EvidentialGene - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2018-01-22 00:50:38 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/01/22/005038 1.0 100%