kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ k-mer ゲノム比較 (comparative genomics) tips download 高速なツール 結果の視覚化 (visualization) 系統解析 生物種の推定 (taxonomic profiling) genetic distance DNAシークエンシングの主な用途は、試料の遺伝的構成を互いに比較して共通性を同定し、したがって関連性を検出するか、またはその差を利用して機能を解明することである。最初に、仮定された遺伝的系統および複製を確認するか、またはサンプルを家族、集団および種にグループ化することを試みる。幅広いサンプルのコレクション間の遺伝的関連性を推定するには、バイアスを避け、サンプルあたりのコストを最小限に抑える必要がある。 今日、集団ゲノミクスの研究の大部分は、NGSを用いて行われている[論文より ref.1]。全ゲノムシーケンスデータを分析するために一般的に用いられる方法は２つの補間する方法に基づいている。すなわ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2018%2F04%2F29%2F154539" title="k-mersからゲノムの類似性を高速計算する kWIP - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20180429/20180429153720.jpg Hatena Blog https://hatena.blog 2018-04-29 15:45:39 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/04/29/154539 1.0 100%