kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 生物種の推定 (taxonomic profiling) metagenome 結果の視覚化 (visualization) 高速なツール protein search 2016 Nature Communications taxonomic assignment fungi microbial eukaryotes virus archaea bacteria Marine Metagenomics abundance estimation in metagenomics data 2018 10/7 タイトル修正 、11/20 conda追加、12/12 テスト追記 2019 4/26 データベース追記 2022/06/25 help更新, 2033/09/26 コマンドの一部更新 ランダムDNAショットガンシーケンシングを使用すると、実験室培養を必要とせずに環境サンプルから全ゲノムDNAを直接得ることができる。この「メタゲノミック」アプローチは、細菌や古細菌の共同体の生物多様性、遺伝子含量、代謝プロセスの特徴を明らかにするための標準的な方法となっており、ますます大規模に使用されている（論文より ref,1,2,3）。ハイスループットシークエンシング（HTS）のコストの… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2018%2F05%2F23%2F121418" title="タンパク質を使って高感度にメタゲノムのtaxonomy assignmentを行う kaiju - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20180515/20180515110000.jpg Hatena Blog https://hatena.blog 2018-05-23 12:14:18 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/05/23/121418 1.0 100%