kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 抗生物質耐性遺伝子 (ARGs) bacteria Virulence Factor 生物種の推定 (taxonomic profiling) virus plasmid AMR docker 2019 3/1 コマンド及びランの流れ更新、3/3 リンク修正、3/14 condaインストール追記、4/12 dockerリンク追加、9/27 コメント追加 2020 4/25 追記 ABRicateはTorsten SeemannさんがGithubに公開されている抗生物質耐性遺伝子や病原性遺伝子、腸内細菌科プラスミドの検索ツール。webツールは混雑していると実行するまで何時間も待たされることがあるが、本ツールはコマンドラインで実行し、素早く結果を得ることができる。複数のデータベースに対応している。データベースは、２コマンド打つだけで最新版に更新することもできる。 以下のデータベースを使用… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2018%2F07%2F03%2F113439" title="抗生物質耐性遺伝子や病原性遺伝子を素早く検索する ABRicate - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20180703/20180703113316.png Hatena Blog https://hatena.blog 2018-07-03 11:34:39 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/07/03/113439 1.0 100%