kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ filtering contamination quality check fasta/fastqの操作 DNAシーケンシング解析では、通常、リードはただ1つのリファレンスゲノムにマッピングされる。 しかしながら、起源となるゲノムの確認を必要とする場合、複数のゲノムに対するマッピングが必要である。 複数のゲノムに対するマッピングは、汚染を検出するため、または検出されないまま誤って実験的結論につながる可能性のあるサンプルスワップを特定するためにも推奨される。 ここでは、リファレンスゲノムパネルにマップされるリードの割合を定量化することによってDNAサンプルの起源を検証するツールであるFastQ Screenを提示する。 FastQ Screenは、品質管理手段として、またDNAの起源が不明であるか複… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2018%2F10%2F05%2F135248" title="複数ゲノムへマッピングして、コンタミの可能性を探ったりフィルタリングを行う FastQ Screen - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20180928/20180928222159.png Hatena Blog https://hatena.blog 2018-10-05 13:52:48 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2018/10/05/135248 1.0 100%