kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ RNA seq plant virus taxonomic assignment k-mer Kodojaはk-merプロファイリングを使用してRNA-seqまたはsRNA-seのfastq/fasta生データからウイルス配列を特定するツール。 k-merを用いた系統分類ツールKrakenとおよびタンパク質レベルでの配列マッチングのKaijuを組み合わせている（Burrows-Wheeler変換している）。 wiki https://github.com/abaizan/kodoja/wiki/Kodoja-Manual インストール mac os10.14のminiconda3-4.3.30環境でテストした。 依存 You can use Python 2.7 or Python 3… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2019%2F01%2F13%2F073000" title="植物RNA seqシーケンシングデータからvirusリードを検出する kodoja - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2019-01-13 07:30:00 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/01/13/073000 1.0 100%