kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2018 Genome Biology metagenome 生物種の推定 (taxonomic profiling) 高速なツール virus archaea microbial eukaryotes contamination protozoa plant vertebrate human genome clinical and diagnostic k-mer abundance estimation in metagenomics data HyperLogLog 2019 1/17 エラー修正 2024/02/14 追記 メタゲノミクス分類手法は、データセット内の各リードに taxonomic identityをアサインすることを試みる。メタゲノミクスデータにはしばしば何千万ものリードが含まれているため、分類は、通常、長さk（k-mers）の短いワードの正確な一致を使用して行われる。結果には、リードの分類が含まれているが、アライメントされたゲノム内のポジションは含まれない（[論文のref.1]のレビューのように）。しかしながら、リードカウントは欺かれる可能性がある。サンプルの抽出、取り扱い、またはシーケンシング中に実験室キットまたは環境から導入された汚… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2019%2F01%2F16%2F073000" title="KrakenUniq - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20190115/20190115204013.png Hatena Blog https://hatena.blog 2019-01-16 07:30:00 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/01/16/073000 1.0 100%