kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2018 Microbial Genomics plasmid Virulence Factor drug resistance 最近、いくつかの研究がin silicoプラスミド予測ツールの有効性を評価している[ref.1、2]。実際、現在、多くのバイオインフォマティクス法が、リードカバレッジ解析（例：PlasmidSPAdes）、k-merベースの分類（例：cBAR、PlasFlow）、レプリコン検出（例：PlasmidFinder）などのさまざまなアプローチが、このようなモバイル因子の検出に使用できる。これらの中には完全に自動化されているものもあり[ref.3–7]、そうでないものもある[ref.8]。そのうちのいくつかは高い感度を達成している：例えば、PlasmidSPAdes（紹介）とcBar（紹介）は42ゲノ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2019%2F04%2F23%2F073000" title="E.coliとKlebsiellaに対応したWGSからのプラスミド検出ツール PlaScope - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20190419/20190419224326.png Hatena Blog https://hatena.blog 2019-04-23 07:30:00 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/04/23/073000 1.0 100%