kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2017 contamination rRNA web tool 生物種の推定 (taxonomic profiling) bacteria 近年、次世代シークエンシング（NGS）と呼ばれる新しいDNAシークエンシング技術の開発により、ゲノムシークエンシングのコストと時間が劇的に減少した。現在、publicデータベースの原核生物ゲノム配列数は約7万に達している（論文執筆時点）。大規模ゲノムデータの使用は、微生物界に関する我々の知識と理解を大いに促進することが示唆されている[ref.1、2]。また、臨床微生物学への応用は、感染症のより良い診断への道を開く[ref.3]。 NGSの使用が微生物学においてより日常的になるにつれて、汚染を含む配列データの品質保証に関する懸念が高まっている[ref.4–7]。 DNAシーケンシングデータ中の汚… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2019%2F07%2F09%2F073000" title="アセンブリ配列の16S rRNA相同性からシーケンシングデータの汚染を素早く見積もる ContEst16S - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20190709/20190709004919.png Hatena Blog https://hatena.blog 2019-07-09 07:30:00 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/07/09/073000 1.0 100%