kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2018 mapping metagenome 生物種の推定 (taxonomic profiling) Pacbio Nanopore long read abundance estimation in metagenomics data 2019 Nature Communications メタゲノム配列の分類は、高速で正確かつ情報豊富でなければならない。新しいロングシーケンステクノロジーは、これらの要素間のバランスを改善することを約束するが、ほとんどの既存の方法はショートリード用に設計されている。 MetaMapsは、ロングリリード専用に開発された新しいメソッドであり、遅いアライメントベースのメソッドの精度と、速いkmerベースのメソッドのスケーラビリティを組み合わせている。近似マッピングアルゴリズムを使用して、ロングリードメタゲノムを、30 GB未満の12,000を超えるゲノムまたはラップトップコンピューターのRAMを持つ包括的なRefSeqデータベースにマッピングできる。こ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2019%2F10%2F06%2F073000" title="メタゲノムのmappingを行う MetaMaps - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2019-10-06 07:30:00 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/10/06/073000 1.0 100%