kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2018 Nucleic Acids Research protein search 生物種の推定 (taxonomic profiling) conserved domain web tool UniProt シーケンスの類似性を検出するためのプロファイル隠れマルコフモデル（HMM）の使用は広く普及している。それらの人気は、いくつかの関連およびアラインされた配列を使用してプロファイルHMMを構築できるという事実に由来し、それを使用して大きなシーケンスデータベースを検索し、distantly relatedな配列を含む関連配列を見つけることができる（ref.1）。プロファイルHMMの感度は、位置の特定の確率的アラインメントのモデリングによって達成される。これには、残基の保存だけでなく、挿入および欠失の割合も組み込まれる。プロファイルHMMの使用は、Pfamなどのタンパク質ファミリーを表現したいデータベ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2019%2F12%2F20%2F093929" title="HMMER web server - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20191219/20191219111406.png Hatena Blog https://hatena.blog 2019-12-20 09:39:29 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/12/20/093929 1.0 100%