kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2D graphical representation of DNA 2020 Preprint orthologue pan-genome ゲノム比較 (comparative genomics) PAV (presence/absence variations) 2020 5/24 インストール手順修正、ヘルプ更新 細菌ゲノムは、広範な相同組換え、水平遺伝子導入、遺伝子損失、遺伝子重複などの複雑な進化の歴史によって形作られている。細菌ゲノムの定義されたセット内のすべての遺伝子で構成されるパンゲノムは、系統学的推論および集団研究の基礎を提供できる。ここでは、遺伝的に多様化された数千の細菌ゲノムからパンゲノムを構築できるパイプラインであるPEPPAを紹介する。 PEPPAは、ツリーベースおよびシンテニーベースのアプローチを組み合わせて実装し、パラロガス遺伝子を特定および除外する。これにより、全ゲノムおよびコアゲノムMLSTタイピングスキームの構築が容易にな… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2020%2F02%2F16%2F073000" title="パンゲノム解析を行う PEPPA - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2020-02-16 07:30:00 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2020/02/16/073000 1.0 100%