kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2013 Bioinformatics k-mer DNA/RNAシーケンシングのリード中のすべてのk-mer（長さkの部分文字列）をカウントすることは、多くのバイオインフォマティクスアプリケーションの前段階である。しかし、最新のk-merカウント方法では、大きなデータ構造がメモリ内に存在する必要がある。このようなデータ構造は、通常、カウントするk-merの数に応じて大きくなる。本著者らは、DSK (disk streaming of k-mer)と呼ばれるk-merカウントのための新しいストリーミングアルゴリズムを提示する。このアプローチは、メモリ、時間、ディスクのトレードオフを実現する。リードに含まれるすべてのk-merのマルチセットはパー… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2020%2F05%2F22%2F233352" title="k-merカウンタ DSK - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20200522/20200522231810.png Hatena Blog https://hatena.blog 2020-05-22 23:33:52 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2020/05/22/233352 1.0 100%