kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ variant calling on RNAseq human genome RNA seq automated pipeline somatic mutation docker 発現情報に加えて、RNAシークエンシング（RNA-seq）データは、分析対象の生物の遺伝子に存在する体細胞変異を取得するために使用することができる。CalliNGS-NFパイプラインは、RNAseqデータを処理して、スモールバリアント（SNV）、SNP、およびsmall INDELs（挿入、欠失）を取得する。このパイプラインは、RNAseq上でのバリアントコールのためのGATKベストプラクティスを実装したもので、解析の主要なステップをすべて含んでいる。GATKのベストプラクティスに加えて、パイプラインには、得られたSNPと既知のバリアントを比較するステップと、オーバーラップしたSNPのアレル特… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2020%2F08%2F27%2F223041" title="GATKベストプラクティスに基づいた、RNA seqのバリアントコールを行うnextflowパイプライン CalliNGS-NF - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20200827/20200827222338.png Hatena Blog https://hatena.blog 2020-08-27 22:30:41 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2020/08/27/223041 1.0 100%