kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2020 Bioinformatics bacteria sub-populations 環境試料中の細菌株を研究することは不可欠である。既存の方法やツールは、既知の菌株や変異株に依存していることが多く、個々のサンプルに対応できない、信頼性が低い、使い勝手が悪いなどの問題がある。そのため、より正確に菌株を同定できる、より使いやすいツールを開発することが重要である。 著者らは、菌株やその変異についての事前知識がなくても、クローンやメタゲノムサンプルのショットガンリードから細菌株をde novoで同定できるmixtureSと呼ばれる新しいツールを開発した。243のシミュレーションデータセットと195の実験データセットでテストしたところ、mixtureSは確実に菌株、その数、およびその豊… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2020%2F11%2F15%2F131304" title="ターゲットの菌株の種類と豊富さを調べる mixtureS - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20201114/20201114204730.png Hatena Blog https://hatena.blog 2020-11-15 13:13:04 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2020/11/15/131304 1.0 100%