kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2016 ANI API BLAST reciprocal best hit 細菌・古細菌における種の分類は、主にゲノム全体の関連性に基づいて行われており、現代の微生物学の枠組みとなっている。現在、2つの系統間の類似度は、実験的に決定されたDNA-DNAハイブリダイゼーション（DDH）による類似度から、ゲノム配列に基づく類似度へと変化している。平均ヌクレオチド同一性（ANI）は、DDHを模倣した簡単なアルゴリズムである。DDHと同様に、2つのゲノム配列間のANI値は、逆算して比較すると互いに異なる場合がある。63 690組のゲノム配列を比較したところ、逆算したANI値の差が有意に大きく、場合によっては1％を超えることがわかった。この対称性がないという問題を解決するために… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2021%2F01%2F30%2F073000" title="ANIを計算する改善されたアルゴリズム orthoani - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2021-01-30 07:30:00 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2021/01/30/073000 1.0 100%