kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2021 Briefings in Bioinformatics Reference-assisted assembly Pacbio docker 第3世代シーケンサーのロングリードからアセンブルされたコンティグは、通常、第2世代のショートリードよりも完全である。しかし、現在のアルゴリズムでは、ロングリードを理想的な完全かつ正確なゲノムにアセンブルすること、つまり理論的に最良の結果を得ることはまだ困難である[ref.1]。ロングリードのコンティグを改善するために、また、より多くの完全な配列決定済みのゲノムが利用できるようになった今では、類似ゲノムアシストの再構築法[ref.2]を使用することができる可能性がある。この方法は、当初、配列決定済みのゲノム（ターゲットゲノム）と近縁のゲノム（類似ゲノム）を使用するショートリード用に提案された。こ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2021%2F03%2F28%2F170841" title="PacBioロングリード用の類似ゲノムアシスト再構築パイプライン AlignGraph2 - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2021-03-28 17:08:41 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2021/03/28/170841 1.0 100%