kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2021 Briefings in Bioinformatics SARS-CoV-2 Viruses metagenome 高速なツール 生物種の推定 (taxonomic profiling) filtering trimming / preprocessing fasta/fastqの操作 本論文では、ショートリードまたはロングリードのシーケンスデータからウイルスや微生物を迅速に同定するためのツールセットと関連リソースを紹介する。fastvは、シーケンシングデータ中に存在する微生物の配列を検出し、対象となる微生物を同定し、微生物ゲノムのカバレッジを可視化するための超高速ツールである。このツールは、k-mer mapping and extension法に基づいている。K-merセットは、このツールセットに含まれるもう一つのツールであるUniqueKMERによって生成される。UniqueKMERは、大規模なウイルスや微生物のゲノムセット内の各ゲノムに対するユニークなk-merの完全… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2021%2F07%2F10%2F224445" title="ショートリードまたはロングリードのシーケンスデータからウイルスや微生物を迅速に同定する fastv - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20210710/20210710224428.png Hatena Blog https://hatena.blog 2021-07-10 22:44:45 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2021/07/10/224445 1.0 100%