kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ pan-genome PanACoTAはモジュール方式のパイプラインなので、ゲノムの準備、品質チェックとフィルタリング、アノテーション、パンゲノムの計算、コア・persistant遺伝子の定義、系統解析まで順番に進めることができますが、allコマンド（説明）を使えば、全部のプロセスをまとめてランすることもできます。昨日に続いて、今日はこのallコマンドを使う手順を確認してみます。 昨日の手順で作った環境をアクティベートしておきます。 conda activate panacota > PanACoTA all -h # PanACoTA all -h usage: PanACoTA all [-c CONFIGFI… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2021%2F09%2F09%2F073000" title="パンゲノム解析ツール PanACoTAのallコマンドを使う - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20210909/20210909003532.png Hatena Blog https://hatena.blog 2021-09-09 07:30:00 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2021/09/09/073000 1.0 100%