kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2021 PLoS ONE human exome variant human genome 高速なツール tips GATK Best Practices for variant callingに完全対応したelPrep5 (紹介) には、大きく分けて２つのモードが用意されています。１つ目は完全にRAM内で動作する（フィルタ）モードで、これは中間ファイルを全く書き出さず完全にRAM内で計算を進めるため、非常に高速です（GATK4で順番に進める場合の11−15倍高速）。２つ目は、ユーザーが提供したsam/bamファイルから実行するsfmモードで、このsfmモードでは、前もって中間ファイルであるsamやbamを作っておく必要がありますが、染色体領域ごとにデータを分割して進めるため、完全にRAM内で動作するフィル… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2021%2F09%2F20%2F234827" title="elPrep 5を使ったバリアントコール - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2021-09-20 23:48:27 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2021/09/20/234827 1.0 100%