kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2020 Preprint テスト失敗 de novo transcriptome coding region タンパク質の翻訳プログラムでは、転写産物の中で最も長いオープンリーディングフレーム（ORF）が選択されることが多いため、データベースには不正確なORFや誤ってアノテーションされたORFが多数存在する。早期終止コドン（PTC）を含む非生産的な転写産物のアイソフォームは、nonsense-mediated decay（NMD）（wiki）の基質となる可能性がある。これらの転写産物には切断されたORFが含まれていることが多いが、本物の翻訳開始AUGを含む転写産物にもかかわらず、PTCの下流のAUGから始まる長いORFが選択されるため、誤ったアノテーションがなされている。遺伝子発現やオルタナティブスプ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2021%2F11%2F21%2F202254" title="転写産物の正確な翻訳と評価を行う TranSuite - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2021-11-21 20:22:54 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2021/11/21/202254 1.0 100%