kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2021 PLOS Computational Biology de novo transcriptome chimera transcript RNA-Seq実験で得られたコンティグを含め、過去10年間に蓄積された配列情報は飛躍的に増加しており、リードデータをアセンブルする際にはキメラ配列の定量が必須となっている。トランスクリプトームでは、de novoでアセンブリされたキメラは、基本的な転写産物によく似ているが、共進化部位間に見られるパターンや、マッピングされたリードカウントなどは不明瞭になる。本著者らは、RNA-Seqデータ用のde Bruijnベースのde novo assemblerを開発した。このアセンブラは、コンティグが作成される基本的なグラフの複雑さを表す分類システムを利用している。各コンティグは、曖昧なパスが存在するか… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2021%2F11%2F27%2F194031" title=" グラフ構造に基づいてキメラコンティグを識別する、ショートリードのde novo transcriptomeアセンブラCStone - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20211127/20211127190613.png Hatena Blog https://hatena.blog 2021-11-27 19:40:31 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2021/11/27/194031 1.0 100%