kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ RNAseqの定量 RNA seq tips 結果の視覚化 (visualization) 相関分析 annotation de novo transcriptome Trinityに付属するスクリプトrun_DE_analysis.plを使うと、BioconductorのRパッケージを使って発現変動遺伝子群を同定して分析することができる。Trinityのabundance_estimates_to_matrix.plなどを使って得た発現行列ファイルを使う。 手順はTrinityのマニュアルに従っている。 インストール ubuntu18.04でtrinityの仮想環境を作ってテストした。Rのバージョンは4.1.1。 依存 R edgeR, limma, DESeq2, ctc, Biobase, gplots, ape, argparse Github ma… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2021%2F12%2F26%2F222312" title="発現変動遺伝子を同定するTrinityのrun_DE_analysis.plスクリプト - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20211226/20211226192201.png Hatena Blog https://hatena.blog 2021-12-26 22:23:12 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2021/12/26/222312 1.0 100%