kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2014 Molecular Biology and Evolution web tool automated pipeline テスト失敗 微生物の進化動態の研究は、手頃な価格のハイスループットシーケンス技術の利用により、一度の研究で何百もの関連する分類群の全ゲノム配列の解読が可能となり、大きく変貌を遂げてきている。一般に、これらの分類群の系統樹を再構築することは、あらゆる進化解析において重要なステップである。最近の多くの研究では、すべての分類群についてゲノムアセンブリを構築し、アノテーションを施し、オルソログ遺伝子をアラインする代わりに、1）生のシーケンスリードを単一の参照配列に直接マッピングし、2）一塩基多型（SNP）を抽出し、3）アラインしたSNP位置から最尤法を使って系統樹を推測している。しかし、このような方法を用いて配列… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2022%2F02%2F07%2F232739" title="ショートリードから全ゲノム系統樹の自動再構築を行う REALPHY - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20220207/20220207230821.png Hatena Blog https://hatena.blog 2022-02-07 23:27:39 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2022/02/07/232739 1.0 100%