kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ ANI dereplication metagenome 2024/03/21 v0.4.0インストールとchekm2について追記 （レポジトリより） Galahは、よりスケーラブルなメタゲノムアセンブリゲノム（MAG）デレプリケーション法を目指している。すなわち、微生物ゲノムをANIに基づいてクラスタリングし、各クラスタの中から1つのメンバーを代表として選択するものである。 Galahは、特に近縁種が多い（ANIが95%以上）場合、greedyクラスタリングにより、dRepなどに比べてゲノムデプリケーションを高速化することができる。生成されたクラスタ代表には2つの性質がある。ANI の閾値を 99% に設定した場合； 各代表は、他の代表に対して<9… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2022%2F02%2F28%2F015735" title="（メタ）ゲノムアセンブリをANIでクラスタリングする galah - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20220228/20220228015105.png Hatena Blog https://hatena.blog 2022-02-28 01:57:35 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2022/02/28/015735 1.0 100%