kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2022 Preprint k-mer ヒト腸内 (human gut) MInHash abundance estimation in metagenomics data Bioinformatics 2022/10/17 help更新 2023/01/05 論文引用、07/26 追記 微生物リファレンスゲノムの増加により、メタゲノム解析の精度は向上したが、分類学的プロファイラーのインデックス作成効率、データベースサイズ、実行時間に対する要件は高くなってきている。また、多くのプロファイラーは、主に細菌、古細菌、真菌の集団に焦点を当て、ウイルスの集団にはあまり注意を払っていない。本発表では、k-merを用いたメタゲノムプロファイリングツールKMCPを紹介する。KMCPは、リファレンスゲノムをチャンクに分割し、k-merにゲノム上の位置を導入する。シミュレーションデータと実データを用いたベンチマ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2022%2F03%2F31%2F235655" title="疑似マッピングによる原核生物とウイルス集団の正確なメタゲノムプロファイリングを行う KMCP - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20220331/20220331235230.png Hatena Blog https://hatena.blog 2022-03-31 23:56:55 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2022/03/31/235655 1.0 100%