kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ metagenome OTU microbial diversity 2024 Preprint 2024/02/01 論文引用 Githubより SingleMは、参照配列データベースに過度に依存することなく、ショットガンメタゲノムデータから直接、個別の操作的分類単位（OTU）の存在量を求めるツールである。このツールは、近縁の生物種を区別することができ、その生物種が科学的に新しい系統のものであっても区別することができる。GraftMでは、ある特定の分類群に属する群集の割合など、分類学的な概観を得ることができるが、SingleMでは、トリミングされていない生のメタゲノムリードから配列ベースのOTUを見つけることができる。現在、SingleMは14のシングルコピー・マーカー遺伝子に集中してお… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2022%2F05%2F04%2F131449" title="メタゲノムのOTU解析を行う singleM - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20220504/20220504130616.png Hatena Blog https://hatena.blog 2022-05-04 13:14:49 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2022/05/04/131449 1.0 100%