kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2022 高速なツール BMC Bioinformatics coding region ab initio gene prediction gene prediction FragGeneScanは現在、短くてエラーが起こりやすいリードの遺伝子予測に最も正確で人気のあるツールであるが、その実行速度は大規模データセットで使用するには不十分である。この問題を解決するはずの並列化も非効率的であった。その代替実装であるFragGeneScan+はより高速だが、メモリ管理、レースコンディション、さらには出力精度に関する多くのバグが発生した。 この論文では、FragGeneScan遺伝子予測モデルの高速なRust実装であるFragGeneScanRsを紹介する。そのコマンドラインインターフェースは後方互換性があり、より柔軟な使い方のための特別な機能が追加されている。その出力… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2022%2F05%2F30%2F231022" title="ショートリードの遺伝子予測の高速化 FragGeneScanRs - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2022-05-30 23:10:22 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2022/05/30/231022 1.0 100%