kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ PeerJ 2016 multiple sequence alignment (MSA) 分子系統樹 nexus phylip raxml format conversion API 近年、系統学で用いられるデータ量は爆発的に増加しており、数百から数千の遺伝子座と多数の分類群から多くの系統が推定されている。このような最新の系統学研究では、遺伝子のサブセットや連結配列の多重解析に加え、各遺伝子座の個別解析が必要となることが多い。何千もの単一遺伝子座や大規模な連結配列を扱い、その特性を計算するための計算効率の良いツールが必要とされている。ここでは、AMAS (Alignment Manipulation And Summary)を紹介する。このツールは、スタンドアローンのコマンドラインユーティリティとしても、Pythonパッケージとしても使用できる。AMASはアミノ酸とヌクレオ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2022%2F07%2F04%2F002854" title="アラインメント操作と要約統計量の計算のための高速なツールキット AMAS - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2022-07-04 00:28:54 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2022/07/04/002854 1.0 100%