kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2022 Bioinformatics Singularity docker orthologue 高速なツール バイオインフォマティクスにおいて、祖先を共有する異なる生物種の遺伝子であるオルソログを予測することは重要な課題である。オルソログ予測ツールは、大量のデータを実行可能な時間内に解析するために、正確かつ高速に予測することが要求される。InParanoidはオルソログ解析のアルゴリズムとしてよく知られており、ベンチマークで良好な結果が得られているが、大規模なデータセットでは実行時間が長くなるという大きな制約がある。ここでは、InParanoidアルゴリズムのアップデート版として、相同性検索ステップにBLASTの代わりに高速なツールDIAMONDを使用できるようにしたものを紹介する。これにより、Que… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2022%2F08%2F16%2F113310" title="InParanoidをDIAMONDにより高速化した InParanoid-DIAMOND - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2022-08-16 11:33:10 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2022/08/16/113310 1.0 100%