kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2022 Preprint repetitive sequences automated pipeline 結果の視覚化 (visualization) 2024 Molecular Biology and Evolution 2024/04/06 論文追記 トランスポーザブル・エレメント（TE）は、ほぼ全ての真核生物ゲノムに存在し、様々な進化過程に関与している。TEに関する研究は非常に盛んだが、そのアノテーションと特性解析は、特に非専門家にとって依然として困難である。(i)断片的で重複するTEアノテーションは、TE数およびカバレッジの誤った推定につながる可能性がある。(ii)リピートモデルは、5'および3'領域の捕捉が不十分で、全長の小さな割合しか表さないことがある。また、既存のパイプラインは、インストール、実行、データの抽出が困難な場合がある。これらの問題を解決するために、本著者らはEarl Greyを開発した。… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2022%2F09%2F15%2F000431" title="全自動のトランスポーザブル・エレメントのアノテーションと解析のパイプライン Earl Grey - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2022-09-15 00:04:31 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2022/09/15/000431 1.0 100%