kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ bam/sam シーケンサーの性能向上により、かつてないほど大量のゲノムデータが生成されるようになった。このようなデータの処理では、例えば、多数のサンプルにわたって小さなゲノム領域を解析する場合、しばしばI/Oボトルネックが発生する。しかし、最も大きなI/O負荷は、解析に必要なデータ量ではなく、データ検索を支援するインデックスファイルによってもたらされることが多い。BAMインデックス（BAI）ファイルを細かく切り刻むことができるプログラム、chopBAIを開発した。このプログラムは、指定されたゲノム区間のインデックスを持つBAIファイルのリストを出力する。このプログラムにより、出力ファイルのサイズが大幅に縮小… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2022%2F10%2F10%2F021633" title="BAMインデックス（bam.bai）ファイルを細かく切り刻む chopBAI - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2022-10-10 02:16:33 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2022/10/10/021633 1.0 100%