kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ sequence clustering 2022 高速なツール Preprint 2023 Genome Biology スケッチベースの距離推定に基づく、高速でメモリ効率の良いゲノムクラスターツールRabbitTClustを紹介する。本手法は、次元削減技術とストリーミング、最新のマルチコアプラットフォーム上での並列化を組み合わせることで、大規模データセットの効率的な処理を可能にする。113,674の完全長細菌ゲノム配列（RefSeq: 455 GB in FASTA format）を6分以内に、1,009,738のGenBankアセンブル細菌ゲノム（FASTA format 4.0 TB）を128コアのワークステーションでわずか34分以内にクラスタリングすることができる。さらに、RefSeq細菌ゲノムに含まれる… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2022%2F11%2F23%2F131420" title="MinHashスケッチで数百万個のバクテリアゲノムの高速クラスタリング解析を可能にする RabbitTClust - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20221124/20221124230642.png Hatena Blog https://hatena.blog 2022-11-23 13:14:20 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2022/11/23/131420 1.0 100%