kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ pan-GWAS Genome Biology 2016 PAV (presence/absence variations) pan-genome 2024/04/09 追記 2025/04/17 インストール追記 ゲノムワイド関連研究（GWAS）は、ヒトの医学やゲノミクスにおいて不可欠なものとなっているが、細菌を対象とした研究はほとんど行われていない。本発表では、パンゲノムの構成要素について、観察された表現形質との関連を、集団の階層性を考慮しながら、進化過程の仮定を最小限にしてスコア化する、超高速で使いやすく、広く応用できるソフトウェアツール、Scoaryを紹介する。著者らは、この手法を従来の一塩基多型（SNP）ベースのGWASと区別するために、 pan-GWASと呼んでいる。ScoaryはPythonで実装され、オープンソースGPLv… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2022%2F12%2F08%2F141847" title="微生物パンゲノム解析のスコア付けを行う Scoary - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20221208/20221208134953.png Hatena Blog https://hatena.blog 2022-12-08 14:18:47 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2022/12/08/141847 1.0 100%