kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2022 Nucleic Acids Research pan-GWAS microbial GWAS SNV 共分散に基づく共選択的圧力下での多型の発見やエピスタシスは、近年、集団ゲノム科学において非常に注目されている。染色体上の対立遺伝子の集団レベルでの共分散を統計的にモデル化し、多型のペア間の依存性をモデルフリーで検定することで、細菌集団における選択のパターンを見出すことに成功したことが示されている。ここでは、計算効率が高く、多くの細菌のパンゲノムのスケールで解析が可能なモデルフリー手法SpydrPickを紹介する。SpydrPickは集団構造に対する効率的な補正を組み込んでおり、明示的な系統樹を必要とせずにデータ中の系統的なシグナルを調整することができる。また、ゲノムワイド関連研究で用いられるマ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2022%2F12%2F20%2F114452" title="タンパク質のMSA中のSNPを比較することにより、SNP共起パターンを同定する SpydrPick - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20221220/20221220124308.png Hatena Blog https://hatena.blog 2022-12-20 11:44:52 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2022/12/20/114452 1.0 100%