kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 生物種の推定 (taxonomic profiling) 系統解析 phylogenetic marker genes Nucleic Acids Research 2023 docker 16SリボソームRNA（rRNA）遺伝子の塩基配列は、数十年にわたり原核生物の分類学的位置づけを知るために用いられてきた。全ゲノム解析は、生物の進化的関係をより明確にすることができるが、このような解析には、微生物学者には珍しい計算能力が必要なことがよくある。PHANTASMは、これらのワークフローを自動化することができる新しいツールである。このツールは、幅広い原核生物に対応するように設計されており、NCBIのTaxonomyデータベースとList of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) のデータベースとの自動照合を行っ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2023%2F04%2F02%2F170140" title="系統マーカー遺伝子を自動で取り出して自動で系統推定を行う PHANTASM - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2023-04-02 17:01:40 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2023/04/02/170140 1.0 100%