kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ tips Nanopore long read taxonomic assignment Pacbio krakenに代表されるメタゲノムの分類学的プロファイリングツールは、fastqのそれぞれのReadに対してダイレクトに分類学的分類を行う。そのために、kraken1ではJellyfishを使ってリファレンスゲノムからk-merが取り出され、ゲノムの分類学的情報と共にデータベース化されて利用される。データベース作成後、kraken実行時は論文の図１（引用）にあるように各シークエンシングリードから複数のk-mer配列が取り出され、メモリにロードされた巨大なデータベースとk-mer配列の完全マッチが探索される。それぞれのk-merの完全マッチのLCAが決定され、そのヒット結果を総合して１つのリード… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2023%2F04%2F26%2F020554" title="mOTUs3を使ってロングリードの分類学的プロファイリングを行う - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20230426/20230426020409.png Hatena Blog https://hatena.blog 2023-04-26 02:05:54 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2023/04/26/020554 1.0 100%