kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2023 GigaScience 高速なツール インフォマティクス解析をサポートするツール docker fasta/fastqの操作 ハイスループットシーケンス技術により、利用可能なシーケンスデータの量はかつてないほど爆発的に増加しており、それらは通常FASTAファイルやFASTQファイルとして保存されている。配列データを生物学的知識に変換する目的で、この種のファイルを処理・操作するツールがいくつか文献に見られる。しかし、いずれも逐次処理に基づくため、今後数年でテラバイト単位になると思われる非常に大きなファイルを効率的に処理するには適していない。よく知られたseqkitツールの一部のルーチンだけが部分的に並列化されている。いずれにせよ、そのスケーラビリティは、1つの計算ノードで数スレッドを使用する程度に限られている。本アプロ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2023%2F08%2F08%2F032228" title="FASTAおよびFASTQファイルを大規模処理する BigSeqKit - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20230808/20230808031749.png Hatena Blog https://hatena.blog 2023-08-08 03:22:28 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2023/08/08/032228 1.0 100%