kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ Preprint 2022 diploid docker Singularity 2024 Nature Communications 2024/04/19 論文引用 高いシーケンスエラーは、2倍体ゲノムアセンブリへのロングノイズリードの適用を妨げてきた。既存のアセンブラーでは、長ノイズリードに含まれる高シーケンスエラーとヘテロ接合体を区別できず、ハプロタイプスイッチの多いアセンブリーが生成されてしまう。ここでは、長いノイズリードから2倍体ゲノムを再構築するための、段階的エラー修正およびアセンブルツールであるPECATを紹介する。ハプロタイプを考慮したエラー修正法を設計し、シーケンスエラーを修正しながらヘテロ接合体の対立遺伝子を保持することができる。さらに、補正されたリードのSNPエラーを減少させるリードレベルSNPコーラーを… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2024%2F02%2F11%2F193913" title="ノイズの多いロングリードからハプロタイプを考慮したde novo二倍体ゲノムアセンブリを行う PECAT - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20240211/20240211192647.png Hatena Blog https://hatena.blog 2024-02-11 19:39:13 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2024/02/11/193913 1.0 100%