kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2024 Preprint assembly graph phasing haplotype reconstruction metagenome Viruses phage strain-level profiling #2024/02/22 インストール手順修正 ロングリード・アセンブラは、密接に関連したウイルス株や細菌株を識別する際に問題に直面する。この限界は、多様な菌株が重要な機能的違いを保持している可能性のあるメタゲノム解析の妨げとなっている。本著者らは、菌株を区別しないアセンブリとロングリードから菌株を検索するために設計された新しいソフトウェア、HairSplitterを紹介する。この方法では、誤ったロングリードを処理するためにカスタムバリアントコーリングプロセスを使用し、事前に未知数の菌株を回収するために新しいリードクラスタリングアルゴリズムを導入している。ノイズの多いロングリードにおいて、Hai… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2024%2F02%2F21%2F233714" title="ロングリードを使って既存の（メタ）ゲノムアセンブリの改良（ハプロイドやphased assembly作成など）を行う HairSplitter - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20240223/20240223125605.png Hatena Blog https://hatena.blog 2024-02-21 23:37:14 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2024/02/21/233714 1.0 100%