kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2024 BMC Bioinformatics de novo transcriptome isoform Alternative splicing Pacbio 2024/02/27 追記 信頼できるリファレンスゲノムを持たない生物種のRNAシーケンスデータからのトランスクリプトームアセンブリはde novoで行う必要があるが、de novo methodでは転写産物のアイソフォームを再構築する能力が不十分であることが多いことが研究で示されている。本著者らは、転写産物のアイソフォームの包括的なセットを作成することを主目的とするアセンブリパイプラインを構築することにより、この問題に対処する。 このパイプラインは、ショートリードRNA-seqデータを入力とし、一次アセンブルを行い、ガイディングコンティグセットをクラスター化し、ショートリードをガイディングコ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2024%2F02%2F25%2F230820" title="de novo transcriptomeのアイソフォームアセンブラ ClusTrAsT - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20240227/20240227140409.png Hatena Blog https://hatena.blog 2024-02-25 23:08:20 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2024/02/25/230820 1.0 100%