kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2023 Bioinformatics Bloom filter bam/sam 高速なツール 重複テンプレートの同定は、バルクシークエンシング解析における一般的な前処理ステップである。streammdは、Picard MarkDuplicatesの出力を忠実に再現しながら、大幅に高速化し、SAMBLASTERよりはるかに少ないメモリで動作する。streammdは、GitHub https://github.com/delocalizer/streammd からMITライセンスの下で入手可能なC++プログラムである。 特徴（レポジトリより） 高速 - デフォルトの設定で、streammdはPicard MarkDuplicatesより5倍高速 大規模なライブラリでも少ないメモリフットプリ… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2024%2F03%2F07%2F013626" title="ブルームフィルタを用いて低メモリ使用量且つ高速にsamの重複マークを行う streammd - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> Hatena Blog https://hatena.blog 2024-03-07 01:36:26 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2024/03/07/013626 1.0 100%