kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ 2024 Preprint metagenome virus metatranscriptome メタゲノミクスは、環境およびヒトに関連する微生物群集を研究するための強力なアプローチであり、特に、それらの形成におけるウイルスの役割を研究するためのアプローチでもある。ウイルスゲノムは、高い突然変異率によるゲノムの多様性のため、メタゲノムサンプルからアセンブルすることは困難である。標準的なde Bruijnグラフアセンブラでは、このゲノムの多様性により、ループやバルジが多数存在する複雑なk-merアセンブラグラフになり、k-merサイズ以上離れたバリアントは位相を合わせる事ができないため、株やハプロタイプに解像することは困難である。一方、オーバーラップアセンブラでは、バリアントが1つのリードで… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2024%2F04%2F03%2F090902" title="複雑なメタゲノムおよびメタトランススクリプトームデータをアセンブルする PenguiN - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20240403/20240403090158.png Hatena Blog https://hatena.blog 2024-04-03 09:09:02 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2024/04/03/090902 1.0 100%