kazumaxneo https://blog.hatena.ne.jp/kazumaxneo/ macでインフォマティクス https://kazumaxneo.hatenablog.com/ Bioinformatics Advances 2024 mitochondria annotation web tool DeGeCIは、de Bruijn graphとして表現されるアノテーションされたミトコンドリアミトコンドリアゲノムのリファレンスデータベースを用いて、ミトコンドリア塩基配列から完全自動のde novo遺伝子予測を生成するコマンドラインツールである。入力ゲノムはこのグラフにマップされ、サブグラフが作成され、クラスタリングルーチンによって後処理される。DeGeCIのバージョン1.1では、GUIベースの入力用にウェブフロントエンドが提供されている。また、入力ゲノムの翻訳テーブルを提供する際に、参照データベース内の生物種をユーザー指定の分類学的分類に制限し、遺伝子境界の最適化を可能にする新しい分類学… 190 <iframe src="https://hatenablog-parts.com/embed?url=https%3A%2F%2Fkazumaxneo.hatenablog.com%2Fentry%2F2024%2F05%2F30%2F002855" title="ミトコンドリアゲノムの遺伝子アノテーションを行うWebプラットフォーム DeGeCI 1.1 - macでインフォマティクス" class="embed-card embed-blogcard" scrolling="no" frameborder="0" style="display: block; width: 100%; height: 190px; max-width: 500px; margin: 10px 0px;"></iframe> https://cdn-ak.f.st-hatena.com/images/fotolife/k/kazumaxneo/20240522/20240522125130.png Hatena Blog https://hatena.blog 2024-05-30 00:28:55 rich https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2024/05/30/002855 1.0 100%